El PNC se constituye en un programa interinstitucional de red de alianzas que se implementará como gestor de fomento, facilitación y fortalecimiento de diferentes modalidades de GIRH y MIC en cuencas de Bolivia y transfronterizas.

Las nuevas modalidades de GIRH y MIC se desarrollarán sobre la base de los principios de gestión social, local, participativa de articulación y concertación de diferentes usos del agua y organización de usuarios y actores de una cuenca o sub cuenca, con énfasis en el uso agrícola, agua potable y saneamiento, abordando poco a poco otros sectores de uso del agua.

El Plan Nacional de Cuencas, tiene un doble carácter: como orientador para la construcción y el desarrollo de una nueva gestión integrada de los recursos hídricos en Bolivia y como un Programa y Plan de Acción para la generación de proyectos e iniciativas locales de gestión integrada del agua en cuencas y manejo de los recursos naturales.

El PNC no es un Plan acabado, sino una propuesta en construcción que se va perfeccionar a partir de nuevas experiencias de gestión de los recursos hídricos en el país, además tiene una perspectiva de construcción de «abajo» desde la práctica y el nivel local, participativo y voluntario; requiere y permite incorporar la visión, acción y el saber de actores locales, tomando en cuenta el reconocimiento y fortalecimiento de la gestión social y cultural de los recursos naturales, el territorio, las tecnologías, conocimientos y los sistemas de vida que se desarrollan en ella.